Le rapport annuel de la Cour des comptes sur le budget de l’Etat en 2016, publié le 31 mai 2017, ne remet en cause ni le Lyon-Turin, ni les engagements pris par les deux pays. Dans un précédent rapport concernant l’AFITF – Agence de financement des infrastructures de France, la Cour des comptes prenait acte que l’Agence ne disposait pas des fonds suffisants pour faire face aux dépenses liées aux projets de transport public local, au Lyon-Turin et au Canal Seine-nord.